El Hospital Santa Isabel fue fundado el 2 de Junio de 1.957, para tal efecto se reunieron un grupo de personas encabezadas por el Señor Cura Párroco de la localidad de ese entonces, Reverendo Padre Roberto Arroyave Vélez, en la casa demarcada con el número 93 de la Carrera Bolívar de este municipio y de propiedad de la parroquia. Dicho grupo de personas estaba conformado por miembros de la colonia sampedreña residente en Medellín, el señor Alcalde Municipal: Don Gustavo Osorio y representantes de la sociedad de Mejoras Públicas del Municipio.

El nombre de Santa Isabel, que lleva la institución fue en honor y para ponerlo bajo patrocinio de la Santa Reina de Hungría, quien pasó su vida haciendo el bien y consolando a sus enfermos y para prenda y símbolo de gratitud de una ilustre dama sampedreña que consumió sus días en el ejercicio de la más acendrada caridad.

Luego se procedió a conformar la Junta Directiva de conformidad con los Estatutos y las disposiciones legales en vigencia, integrada por el señor Cura Párroco, el Alcalde Municipal, el Director del Hospital, un Representante del Honorable Consejo Administrativo, un Representante de la Sociedad de Mejoras Públicas y dos Representante de la Colonia sampedreña residentes en Medellín, con sus respectivos suplentes.

En el mes de Mayo de 1.958 las directivas se vieron en la necesidad de cerrar el Hospital, ya que debía contar con un local propio y para tal efecto los miembros de la colonia sampedreña residentes en Medellín, a la cabeza del Señor Libardo Aristizábal, compraron al señor Arturo Gómez Delgado la casa de su propiedad, ubicada en la Carrera Bolívar, con Córdoba de este Municipio. Dicho acto de compraventa se hace mediante Escritura Pública Nro. 1314 de la Notaria Séptima del Círculo de Medellín, con fecha del 27 de Mayo de 1.958. La Personería Jurídica fue otorgada mediante Resolución Nro. 2682 del 27 de Agosto de 1.958 emanada del Ministerio de Justicia.

El contrato para la integración de los servicios de salud entre el Servicio Seccional de Salud de Antioquia y el Hospital Santa Isabel de San Pedro, fue firmado el día 24 de Julio de 1.968, siendo Gobernador el Doctor Octavio Arismendi Posada, en Representación del Servicio Seccional de Salud de Antioquia, el Doctor Antonio Yepes Parra, jefe del Servicio Seccional de Salud de Antioquia y el Señor Ramón Emilio Peña Betancur, en calidad de Representante Legal del Hospital.

En Enero 26 de 1.990 se hace la reubicación y nueva planta del Hospital Santa Isabel, en terrenos donados por el Señor Genaro Betancur Arango y realizada por el Gobierno Departamental, bajo la presidencia del Doctor Virgilio Barco Vargas y la Doctora Elena Herrán de Montoya como Gobernadora y el Señor Arnoldo Hernández Gómez, Alcalde Municipal se inauguró esta obra, siendo Médico Director el Doctor Orlando Hernández Ortiz.

De conformidad con lo dispuesto por el acuerdo Nro. 008 proferido por el Honorable Consejo Municipal de San Pedro, el día 16 de enero de 1.995, la E.S.E Hospital Santa Isabel es una entidad descentralizada de Orden Municipal, dotada de Personería Jurídica, Patrimonio propio y autonomía administrativa sometida al Régimen Jurídico, previsto en el Capítulo VI, Titulo II, Libro Primero del Decreto Ley Nro. 1298 del 22 de Junio de 1.994.